Cara menghitung sel menggunakan haemasitometer :
Untuk meghitung kepadatan sel, haemositometer dapat digunakan sebagai alat untuk menghitung (Boney, 1974). Selain itu, ada berbagai macam cara untuk menghitung jumlah sel antara lain, perhitungan dalam cawan (plate count), perhitungan langsung dibawah mikroskop (direct microscopic count), atau perhitungan dengan bantuan alat yang disebut penghitung Coulter (Coulter counter). Pada metode perhitungan langsung dibawah mikroskop, sampel diletakkan di dalam suatu ruang hitung (seperti haemositometer) dan jumlah sel dapat ditentukan langsung dengan bantuan mikroskop (Hadioetomo, 1985).
Pada haemositometer, perbedaan jarak antara bagian yang rendah dengan permukaan gelasnya memiliki kedalaman 0,100 mm. Pada permukaan di bagian yang rendah tersebut terdapat garis-garis yang bersilangan sehingga merupakan kotak-kotak bujur sangkar dengan ukuran 1x1 mm (1 mm2). Masing-masing kotak tersebut terbagi-bagi lagi menjadi kotak-kotak yang lebih kecil. Luas kotakan yang bergaris-garis tadi adalah 1 mm2. Sedangkan tinggi airnya sama dengan kedalaman haemositometer yaitu 0,1 mm. Volume air dalam kotakan adalah 0,1 mm3 atau 0,0001 cm3 atau 0,0001 ml. Jika jumlah plankton yang terdapat di dalam sebuah kotakan N plankton, berarti dalam 0,1 mm3 terdapat N plankton. Dengan demikian, 1 cm3 atau 1 ml air jumlah planktonnya adalah 10.000 x N sel (Mudjiman, A., 2004). Jumlah kotakan dalam haemositometer ada sembilan area, masing-masing berukuran 1 mm2. kotak yang ditengah (kesemua sisinya dibatasi dengan garis ganda) juga berukuran 1 mm2 dan dibagi menjadi 25 kotak besar. Setiap kotak besar ini dibagi lagi menjadi 16 kotak kecil. Dengan demikian di dalam kotak tengah tersebut seluruhnya terdapat 400 kotak kecil (25 x 16) (Hadioetomo., 1985).
Untuk mengurangi selisih hasil hitung densitas plankton, teknik penghitungan densitas Nannochloropsis sp. dapat dilakukan dengan pengenceran sampel 10-1, yang dikoreksi dengan nilai pendekatan terhadap teknik penghitungan yang standar pada haemacytometer. Teknik ini memiliki kelebihan yaitu lebih mudah, singkat proses perhitungannya dan mendekati hasil hitung dengan teknik standar alat (Suriana dan Junaid, 2006).